Hinsichtlich Allergien ist bei Katzen die Lage eher nebulös. Es gibt kaum Studien dazu, nachweisen kann man hier sehr sehr wenig.
Ich würde in Deinem Fall NICHT umgehend an eine Allergie denken, da - siehe oben. Und: Die Erkrankung, die Deine Katze hat, nämlich eine Bindehautentzündung als auch eine Hornhautentzündung, beide zum Katzenschnupfenkomplex gehörend, ist/sind sehr häufig UND darüber hinaus sehr langwierig (--> Keratitis, die Hornhautentzündung).
Du schreibst etwas von März - dann hatte diese Erkrankung fast ein halbes Jahr Zeit. Es beginnt meist mit einer Konjunktivitis bei Herpes, wenn diese dann nicht oder nicht richtig behandelt wird, wächst es sich zu einer Keratitis aus. Wird diese nicht oder nicht richtig behandelt, droht ganz klar der Verlust des Augenlichts - und zwar entweder in Form von Trübungen etc.. Bei meiner Katze kam es zu einer durch Herpes ausgelösten Uveitis, die einen Abszess nach sich zog --> das Auge musste entnommen werden. Auch das ist nicht so selten bei Herpes, der richtig aufblühen durfte.
Prinzipiell ist eine Keratitis - und die werden bei Katzen in 99% der Fälle durch Herpes ausgelöst - eine sehr langwierige Kiste. Vermutlich hat sich bei Euch eben auch eine Form der eosinophilen Keratitis entwickelt aus der Herpeskeratitis heraus - das heißt, dass das Immunsystem nach der Zeit überreagiert und den ohnehin schon vorhandenen Entzündungsprozess anfeuert. Eine schwierige Kiste, weil dagegen Cortison gegeben werden muss, Cortison aber im Falle von Viren so gut wie immer kontraindiziert ist. Das heißt man muss sicher sein, dass man den Herpes komplett eliminiert, weil man ansonsten mittels Cortison der Herpesinfektion Tür und Tor öffnet (Herpes fährt das Immunsystem runter, das ist fatal bei Viren, weil es gegen Viren in der Regel keinerlei Medikamente gibt, die diese abtöten, wenn überhaupt, wie im Falle von Herpes, nur Medikamente, die das Wachstum stoppen - der Rest obliegt dem Immunsystem). Aber eine eosinophile Kiste kann man auch nicht unbehandelt lassen, wie schon erwähnt - hier kämpft der Körper bzw. das Immunsystem gegen Windmühlen, es zerlegt sich selbst bzw. richtet sich gegen den Körper selbst.
Ich würde mir hier eher weniger Gedanken drüber machen, warum es schlechter wird, wenn Deine Katze rausgeht. Das wirst Du vermutlich nicht rausfinden, Du solltest Dich hier auch nicht auf Allergien versteifen - die Ursprungserkrankung ist in dem Zustand, den Du beschreibst, schlimm und schwierig genug, die muss ganz konsequent angegangen werden (was hier jetzt ja wohl auch macht).
Was bekommt Deine Katze an Medikamenten?
Im übrigen halte ich aus der Ferne als versierter Laie das Vorgehen Deines Arztes für komplett richtig bzw. dessen Vermutungen. Wie schon erwähnt, eine Keratitis ist so gut wie immer Herpes-induziert, nach so langer Zeit kann sich sehr gerne mal durch diese Ursprungserkrankung eine eosinophile Keratitis ausbilden (Immunsystem ist so angestachelt, dass es weiter rumballert, siehe oben). Darüber hinaus sind die PCR-Tests zwar sehr sensibel, aber es kann sehr wohl zu falsch-negativen Tests kommen, wenn die Viruslast nicht oder nicht mehr hoch genug ist.
Zum Einlesen, siehe hier:
FAQ - Atemwegsinfektionen, Erkältungen, Katzenschnupfen & Co.
Darüber hinaus:
--> Horzinek, Seite 503 folgende:
https://books.google.de/books?id=ZB...age&q=Megestrolacetat katze keratitis&f=false
--> Day, Seite 189:
https://books.google.de/books?id=Dt...onepage&q=eosinophile keratitis katze&f=false
--> Walde, Seite 569 und 570 sowie folgende:
https://books.google.de/books?id=IT...DAA#v=onepage&q=eosinophile keratitis&f=false
Im übrigen gibt es eine relativ neue Studie (2016), die als recht vielversprechend bewertet wurde: Sie konnte nachweisen, dass der Einsatz von Megestrolacetat bei den Versuchskatzen mit eosinophiler Keratitis eine gute Wirksamkeit aufwies. Siehe hier - ganz unten ist die Studie verlinkt:
http://www.vetcontact.com/ophthalmologie/art.php?a=7641&t=&f=25
--> Stiles, J. and Coster, M. (2016), Use of an ophthalmic formulation of megestrol acetate for the treatment of eosinophilic keratitis in cats. Veterinary Ophthalmology. doi: 10.1111/vop.12371
Walde, siehe oben, erwähnt das ebenfalls auf Seite 570.
Darauf könnte man den Tierarzt noch ansprechen, was ich tun würde.