Wenn er bereits mit drei Monaten unsauber war, wird das eher weniger Markierverhalten sein.
Kastriert werden müssen die beiden trotzdem unbedingt und das schnellstmöglichst, am besten gleich morgen. Sonst bekommt deine Katze bald Kitten von ihrem Bruder und/oder sie fangen sich draußen beim Deckakt z.B. FIV oder FeLV ein.
Dein Tierarzt hat da leider eine sehr veraltete Einstellung.
Zum Problem mit dem Koten:
Stellt die Klos mal auseinander, stellt eines auf seine bevorzugte Kloecke und bietet ihm evtl. mal ein Haubenklo an - manche Katzen mögen das lieber.