Für die Katze wäre es relativ anstrengend, die ganze Fahrt ungesichert zu sein. Hat einen ganz einfachen Grund, für so eine kleine Katze schunkelt und ruckelt es bei einer Autofahrt schon extrem, sie müsste sich also permanent irgendwo "festhalten". Ich persönlich denke, das macht es dem Tier anstrengender und stressiger, als wenn man sie langsam an die Fahrten in der Box gewöhnen würde.
12h in einer ausreichend großen Box sind grundsätzlich kein Problem für eine gesunde Katze.