Nur mal so ein paar Gedanken von mir...
Pepper scheint ja generell unsicher im Haus zu sein. Ob es nun mit ihrem Charakter oder einem Erlebnis (TA) oder Chili zu tun hat (ich vermute auch, es ist irgendwie eine Mischung aus allem), wahrscheinlich findet man die Ursache nicht heraus. Du schreibst aber, die beiden waren anfangs ein Herz und eine Seele, also von daher können sie ja miteinander klarkommen... Sicher kann sich das gerade bei Katze/Kater-Kombi mit der Zeit auch ändern, aber vielleicht lässt sich daran ja anknüpfen. Das Problem ist eben - wie soll das gehen, wenn sie so gut wie nie im Haus ist...
...von daher meine Gedanken, sich auf Chili zu konzentrieren. Mit ihm ordentlich Auspower-Spiele machen, damit er gut ausgelastet ist und wenn sie sich mal blicken lässt - ihn gleich in ein Zimmer separieren ... 😎
Es geht mir bei dieser Überlegung darum, dass sie mal eine Weile immer wieder erleben soll, dass sie sich in der Wohnung frei und sicher bewegen kann. Sie muss das unmittelbar erfahren und tun können, sonst lernt sie es nicht (wieder). Von daher müsste sie, wenn sie nach Hause kommt, erstmal eine Chili-freie Zone vorfinden.
Wäre das umsetzbar?
Dann würde ich es versuchen.
Richte ihm ein Zimmer schön ein, gemütlicher Schlafplatz, Klo, etc, spiel mit ihm öfter da drin, dann verknüpft er damit positives und verfrachte ihn dort rein, wenn Pepper ins Haus will/soll.
Falls er doll an der Tür kratzt oder du merkst, er reagiert anderweitig sehr gestresst darauf, würde ich es lassen. Aber vielleicht funktioniert es ja.
Dann könnte Pepper sich immer mal wieder frei im Haus bewegen und es wäre evtl leichter, sie auch mal für längere Zeit drin zu halten...
Oder du versuchst tatsächlich eine erneute Zusammenführung, mit Gittertür, aber eben Pepper soll den größeren Teil des Reviers bekommen. Entweder Chili in einem großen Zimmer, oder Du teilst die Wohnung per Gittertür in zwei etwa gleich große Reviere auf und Pepper bekommt das größere bzw "wichtigere" Revier, von dem aus sie bequem und wie gewohnt die wichtigsten Punkte erreichen kann (Futterstelle, Klos, Lieblingsschlafplätze etc).
Gut, evtl wird es schwierig, beide drin zu behalten, aber falls du es versuchen möchtest, wäre gerade jetzt die kalte Jahreszeit günstig und evtl drängt Pepper dann gar nicht mehr so nach draußen, wenn sie gewahr wird, dass ihr Bruder erstmal permanent auf Distanz gehalten wird...
Vorteil mit Gittertrür-trennung wäre, dass du, wenn Pepper sich erstmal in der Wohnung allgemein entspannter fühlt, am Gitter sichere Zusammenführungsaktionen starten könntest. Und Mio könnte ja auch ab und zu in Peppers Bereich, er müsste dort dann ja nicht immer allein sein...
Das Hauptproblem ist eben erstmal, dass sie so selten drin ist und sich anscheinend sehr unsicher im Haus fühlt. Sie müsste erstmal diese Sicherheit erfahren, am besten komplett, also ich würde es versuchen mit Gittertürtrennung... Sie wird dann am deutlichsten gewahr, dass sich die Situation nun erstmal grundlegend geändert hat - und wenn sie sich erstmal um einiges sicherer in der Wohnung bewegt, hätte sie eine ganz andere Grundlage und dann kann man weitersehen, wie man die beiden annähern könnte.