Also - meine Gedanken dazu:
Diese Katze scheint grundsätzlich erstmal zähmbar - das ist grundvoraussetzung dafür. Sie hat sich schon sehr weit vorgetraut an die Menschen heran und du hast schon gute Arbeit geleistet, also gibt es schon mal eine gute Basis.
Das sie jetzt Angst hat liegt halt an der Einfangaktion - sie hat natürlich Angst, daß ihr das wieder mit ihr macht und verbindet jetzt die Räume mit den negativen TA-erfahrungen.
Das würde sich im lauf der Zeit aber wieder bessern, wenn sie merkt, daß ihr drin nichts mehr passiert. Schieb den Futternapf wieder Stück für Stück dichter ans Haus ran und leg besondere Leckerlies zusätzlich in eine offene Tür und laß beides Näpfe und Leckerlies immer weiter reinwandern, je nachdem wie sie es annimmt. Laß sie, wenn sie da dann frisst komplett in Ruhe - verzieh dich ganz, damit sie die Räume wieder anfängt mit was positivem zu verbinden.
Wenn du dann vorhast sie nur noch drinnen zu halten bereite einen Raum vor, in dem sie dann erstmal sein kann, der (nur) ihr gehört. Der Raum sollte Versteckmöglichkeiten enthalten, die für dich aber erreichbar sind, aber ansonsten so eingerichtet sein, daß sie da keinen Mist drin bauen kann.
Geh dann jeden Tag zu ihr rein und beschäftige dich jeden Tag mit ihr. Zu Anfang wird sie beleidigt sein, sich verstecken und keinen Mucks von sich geben - eventuell in eine Art "Starre" verfallen. Rede mit ihr und leg ihr Leckerlies hin, versuche erstmal nicht sie zu streicheln - est, wenn sie anfängt sich an Gegenständen zu reiben halte ihr deine Hand zum auch dran reiben hin. Aus dem Raum raus darf sie erst dann, wenn sie im Raum in deinr Gegenwart sich normal verhält - dann darf sie in die restlichen Räume.
Problem wird dann allerdings sein: sie kann aus den Fenstern ihr altes Revier sehen - dementsprechend wird ihr rausdrang sehr groß sein...
Auch kann man im vornherein schwer abschätzen, ob die Katze später wieder Freigang einfordern wird oder nicht. Ich hab oftmals erlebt, daß Katzen die von draußen kamen dann nach Zähmung und umgewöhnung so glücklich über ihr sorgloses Leben waren, daß sie das Draußensein nicht mehr wollten, sondern im Gegenteil vor dem Draußen Angst hatten... aber es gibt natürlich auch das Gegenteilige. Dann müßtest du halt darüber nachdenken, wenn sie dann auch in der Wohnung später eindeutig nach draußen drängt für sie ein neues Freigänger zu Hause zu suchen. Prinzipiell lassen sich nach einer erfolgreichen Zähmung dann hinterher die Mietzen auch wieder auf neue Menschen ein, wenn diese Geduld haben.
Geh aber für die gesamte Prozedur von einem Zeitraum von mindestens 3-4 Monaten aus - eventuell auch 6 Mon -durchaus auch 1 Jahr, bis sie dann bei dir auf der Couch liegt...